Bereits während seines Studiums der Verfahrenstechnik fokussierte Stefan Rauner sich auf IT-gestützte Prozessoptimierung. Geeignete Beteiligungsformen und Stakeholder-Management in interdisziplinären und interkulturellen Projekten bildeten Schwerpunkte seiner Tätigkeitsfelder als Projektarchitekt und Projektleiter. Als freier Projektberater verantwortete er anwendungsnahe Forschungsprojekte im Bereich nachhaltiger Mobilitätsformen und deren softwarebasierte Vernetzung, bevor er 2002 zu Governikus wechselte. Die Etablierung iterativer Herangehensweisen, Änderungsprozesse und Requirement Engineering machten seine Aufgabenfelder als Consultant, Teamleiter und Change Manager aus.
Seit 2012 ist Stefan Rauner Prokurist und vorrangig für die Felder Business Development, Portfoliomanagement und Marketing mitverantwortlich. Als General Portfolio Manager entwickelt er mit Anwendern, Fachverantwortlichen, dem Produktmanagement und den produzierenden Teams Visionen für das Produktportfolio der Governikus, die an der Schnittstelle zwischen Markt und Technik nachhaltig wirken. Mittels dieses kooperativen Ansatzes orchestriert er die kontinuierlich adaptive Weiterentwicklung der Governikus-Anwendungen des IT-Planungsrates.